Aynı dönemde Sudan'da o dönemde kuzey ile güney arasında barış görümeleri yapılıyordu.

Sudan'ın güneyinde ki, özellikle müslüman siyahilerin yaşadığı Darfur'da, mevcut petrol bölgelerinden kaynaklanan şekilde bir ayaklanma tertip edildi.

El Beşir ayaklanmayı bastırmak için orduyu kullandı. Yüzbinlerce Darfurlu ordunun saldırısı nedeniyle Çad'a sığındı, bölgede katliam yaşandı.

Uluslararası kuruluşlara göre Sudan'ın Darfur kentinde bugüne kadar 200-300 bin insan hayatını kaybetti. Olay Sudan iş savaşı gibi gösterildi.